高分子材料開発を効率的に行う上で、今や分子シミュレーションは極めて重要な役割を担っています。高分子のもつ特徴の一つとして、凝集構造の階層性を挙げることができます。高分子材料開発においては、このような階層構造の形成機構を明らかにする必要があります。
　本セミナーでは、階層的な構造をもつ高分子の構造形成に焦点を当て、その基礎概論を述べたあと、高分子のモデリング手法や分子シミュレーション手法の基礎を解説します。また、OCTAやLAMMPS、Gromacsなど、高分子シミュレーションにおいてよく用いられるソフトウェアについても、最近の研究事例を交えながら、その概要を紹介します。

1. 高分子構造形成の基礎概論
   1. 高分子の結晶化
      • 高分子の配向構造
      • ポリエチレンの結晶化
      • ポリエチレンの単結晶
   2. ブロック共重合体のミクロ相分離
      • マクロ相分離
      • ミクロ相分離
2. 高分子のモデリング
   1. 階層構造 〜結晶性高分子を例にとって〜
      • 高分子球晶の階層構造
      • 高分子シミュレーションの階層構造
   2. 全原子モデル
      • 典型的な相互作用ポテンシャル関数
      • 反応力場 (ReaxFF)
   3. 粗視化モデル 〜2つのアプローチ〜
      • 単純化した分子モデル
      • 現実的な分子モデル
      • 粗視化モデルの例
3. 高分子のシミュレーション手法
   1. モンテカルロ (MC) 法
      • 高分子鎖のランダム・ウォークモデル
      • 動力学への拡張
   2. 分子動力学 (MD) 法
      • MD法とは
      • 差分近似法
      • シミュレーションで求める量
      • (例) 単原子分子系
   3. ランジュバン動力学 (LD) 法
      • ランジュバン方程式
      • ランジュバン方程式の解
   4. 散逸粒子動力学 (DPD) 法
      • DPD法とは
      • 粒子間力
      • 揺動散逸定理
      • 速度Verletアルゴリズムの修正版
4. ソフトウェアの特徴
   1. OCTA (COGNACなど)
      • COGNACの概要
      • COGNACの基本機能
      • 単位系
      • インストール関連
      • COGNACの利用手順
   2. LAMMPS
      • LAMMPSの概要
      • LAMMPSの基本機能
      • 単位系
      • インストール関連
      • LAMMPSの利用手順
   3. NAMD
      • NAMDの概要
      • NAMDの基本機能
      • 単位系
      • インストール関連
      • NAMDの利用手順
   4. AMBER
      • AMBERの概要
      • 単位系
      • インストール関連
      • AMBERの利用手順
   5. Gromacs
      • Gromacsの概要
      • 単位系
      • インストール関連
      • Gromacsの利用手順
5. 研究事例
   1. 高分子の構造形成
      1. 単一高分子鎖の構造形成
      2. 双性イオン性ポリマーブラシ – 水界面における水のダイナミクス
      3. 結び目を有するポリエチレンの結晶化
      4. 損傷DNAの分子動力学シミュレーション
   2. 両親媒性分子の自己会合
      1. 両親媒性分子のミセル形成
      2. 双頭型両親媒性分子の高次構造形成
6. 質疑応答