製薬企業は大学などのアカデミアとの共同研究を行い、多くの実りある成果を出している。一方で、企業とアカデミアの研究に対する意識の違いや、アカデミアの研究に対するサポート体制の違いから種々のトラブルが生じることがある。
　企業とアカデミアがwin – winの関係を築き、より良い成果を得るために、どのような点に気をつけるべきか、特許出願を軸に、共同研究開始から、共同研究終了までのトラブル事例を交えながら説明したい。

1. はじめに
   1. 契約の重要性
   2. 共同研究で期待される効果
   3. トラブルの起こる要因
      • アカデミア/スタートアップが抱える問題点
      • アカデミア/スタートアップが企業に期待すること
   4. 共同研究の流れと契約
2. アカデミア/スタートアップが利用する契約書等のツールとその問題点
   1. さくらツール (文部科学省)
   2. モデル契約書 (特許庁)
   3. その他
3. 共同研究/共同開発における留意点
   1. 秘密保持契約概要
      1. 秘密情報の範囲設定
      2. 協業の検討開始の事実をスムーズに公表するには
      3. 提供データの利用に関するトラブル防止
   2. 秘密保持契約時によくあるトラブル
   3. MTA
   4. アイデアの帰属
   5. データの取り扱い
4. 特許出願における留意点
   1. 共同出願契約概要
   2. 共同出願契約時によくあるトラブル
      • アカデミア間
      • アカデミア/スタートアップと企業
   3. 意図せぬ開示
      1. アカデミアからの特許出願の際に遭遇した発明開示
      2. bioRχiv
      3. 学位取得
      4. 研究費等の報告書
      5. アカデミア研究者にとっては発表こそが重要
5. 共同研究終了後のトラブル
   1. 共同研究終了後のトラブル事例とその対応
   2. トラブル回避のためのポイント