プロテオミクス (Proteomics) は、発現タンパク質群の動態 (プロテオームProteome) を包括的に分析することによって生命現象の全体像をつかむ学問です。分析技術の発展とともに、現在のプロテオミクスは基礎研究ばかりでなく医療の分野にもインパクトを与え続けています。
　本セミナーでは、プロテオミクスのことを一通り理解したい方々を対象に、質量測定を基盤としたプロテオーム分析実験の原理やノウハウを解説します。データ解析の実例も織り交ぜながら、分析の一連の流れを把握していただけるような構成にしました。

1. プロテオミクスを始めよう (序論として)
   1. 「プロテオーム」「プロテオミクス」とは?
   2. プロテオミクスでわかること、わからないこと
   3. プロテオミクスの歴史
   4. 分析の様子 (写真と動画)
2. 質量分析を基盤としたプロテオミクス
   1. 質量分析の威力
   2. ペプチド断片を測る
   3. 液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析を連結した測定系 (LC-MS/MS)
   4. 試料調製における注意点
   5. 標識法と非標識法
   6. 翻訳後修飾の分析: リン酸化とNグリコシル化を中心に
3. プロテオミクスで使われている質量分析計
   1. 質量分析部のいろいろ
      • イオントラップ
      • 三連四重極
      • qTOF 他
   2. 測定データの取得方法
      • DDA
      • DIA
      • 選択イオンモニタリング
   3. 測定データ取得の高速化と高深度化
      • プロテオームの「ビッグデータ」
4. プロテオームデータの処理と解析
   1. 一般的な処理手順: 同定情報と計量情報の統合
   2. ペプチド/タンパク質の同定
      • アミノ酸配列データベース検索の原理
      • 偽陽性ヒットの検証: Target-Decoy検索とFalse discovery rate (FDR)
      • 複数のタンパク質におけるペプチド同定情報の共有
   3. タンパク質組成の試料間計量比較
      • 計量値の正規化
      • 比較計量値の散布図: MAプロットとボルケーノプロット
5. おもな情報解析の手法
   1. 膜結合タンパク質の予測
   2. Gene ontology (GO) の活用: 尤度解析
   3. クラスター解析 (階層クラスタリング)
   4. 主成分分析
   5. ウェブ上の情報解析ツール
6. 分析実験と情報解析の実例 (リン酸化プロテオミクス)
7. プロテオームの分析計画から論文投稿まで
   1. 計画策定に当たっての注意点
   2. 選択肢としての分析の外注
   3. 公共リポジトリへのプロテオームデータの登録