次世代シークエンサー (NGS) が登場して10年以上が経過し、バイオのデータにインフォマティクスを組み合わせてこれまで知ることのできなかった世界を分析する方法が一般化してきた。さらにディープラーニングをはじめとするAI的手法の開発が盛んになり、バイオとAIのシナジーから大きな成果が得られるようになってきている。投資するべき分野が不明瞭な中で、バイオAIビジネスへの期待は高まっているが、ゴールドラッシュでスコップを売るのと同様に、バイオAIから得られるゴールドそのものではなく、ツールである計算機やデータストレージの販売をゴールに設定したビジネスが多い。演者らは次世代シークエンサーの登場以来、急拡大したバイオデータ解析需要に応えてきた。本セミナーでは、バイオAIビジネスの成功事例を紹介するとともに、コンピューターを使用した演習を行うことで、AIに食わせるためのデータ加工プロセスを体験する。
　バイオインフォマティクスを実施するためには、コンピューターに対して文字入力のみで命令を伝える技術が必要となる。このセミナーを通じてUNIX環境を中心とした計算機実験の実態の包括的な理解を目指す。これを理解することで、AIを使った解析手法や、ディープラーニングを活用することができるようになる。

1. 生物工学研究のためのバイオインフォマティクス
   1. NGS以前のバイオロジーとインフォマティクス
      1. バイオロジー
      2. インフォマティクス
      3. 塩基配列のバイオインフォマティクス
      4. 生態学におけるバイオインフォマティクス
   2. NGS以降のバイオインフォマティクス
      1. 次世代シークエンサー (NGS)
      2. 公共データベース
2. UNIX/Linuxの取り扱い
   1. ターミナル
      1. ターミナルとは
      2. ターミナルを開く
   2. ディレクトリの操作
      1. 現状の確認
      2. 内容物リスト
      3. 移動
      4. ディレクトリをつくる
   3. ファイルの操作
      1. ファイルの除去
      2. ファイルの作成
      3. 閲覧
      4. ファイルの結合
      5. 文字列の編集
3. 配列類似性の検索
   1. ショートリードのマッピング
      1. デモデータの準備
      2. 高速配列類似性検索
      3. 検索結果の閲覧
   2. ショートリードのアセンブル
      1. アセンブル
   3. ロングリードの解析
      1. 解析ディレクトリの準備
      2. データベースの準備
      3. クエリーの準備
      4. 配列類似性検索
      5. 検索結果を閲覧
4. 集計
   1. 塩基毎の集計
      1. pileup
      2. 変異・多型の集計
      3. カバレッジの集計
   2. 特定領域の集計
      1. マップされたリードの取り出し
      2. マップされたリードの集計
5. 統計処理
   1. 正規化
      1. 正規化基準の選定
      2. RPM/RPKM/FPKM
      3. TMM正規化
      4. 標準物質の利用
   2. 検定
      1. R
      2. 検定の前提
      3. カウント数の検定
   3. 分類
      1. ハッシュ
      2. 主成分分析
      3. ツリーネットワーク
• 質疑応答

持参品

mac OS X かつ RAMが4GB以上 のPC をお持ちいただくと、PC実習が行えます。
当日は講師のデモを同時進行で行いますので、PCのご持参がなくても構いません。
誠に恐れ入りますが、弊社でのPCの貸出はございません。ご了承ください。